Ibaluktot ang isang hanay ng mga nalalabi sa isang grid upang ang mga hydrophobic unit ay magsiksikan sa isang nakabaon na core — at i-squeeze ang enerhiya hanggang sa napatunayang minimum nito.
Ang isang protina ay na-modelo bilang isang chain ng hydrophobic (H) at polar (P) residues sa isang 2D na sala-sala. Ang mga hydrophobic na kapitbahay na nakaupo sa tabi nang hindi nakagapos ay nagpapababa ng enerhiya. Ang iyong layunin ay tiklupin ang kadena upang ang mga H residues ay bumuo ng isang compact core at maabot mo ang pinakamainam na enerhiya.
Ang Helixfold ay binuo sa klasikong hydrophobic-polar lattice model ng protein folding, na ginagawang puzzle ang paghahanap para sa isang fold.
Isang kadena ng mga hydrophobic at polar na residue sa isang lattice, kung saan ibinababa ng mga non-bonded na H-H contact ang enerhiya, ay ang HP model ng protein folding.
Ang tuwirang pagmamarka sa enerhiya, sa halip na sa pagkakahawig sa isang kilalang hugis, ang orihinal na paraan.
Ang enerhiya ang tamang layunin dahil ito ang pinaliliit ng kalikasan. Itinutulak ng hydrophobic effect ang mga nonpolar na residue papaloob, at ang modelong halos wala nang iba pa ay nakagagaya pa rin sa siksik na core na mayroon ang mga tunay na protina — kaya nananatili ang HP model bilang kasangkapan sa pagtuturo at pananaliksik.
Ang Helixfold ay binuo sa klasikong hydrophobic-polar lattice model ng protein folding, na ginagawang isang tactile puzzle ang paghahanap para sa isang minimum-energy conformation. Ito ay isang orihinal at libreng laro ng browser na may tatlong haba ng chain at pang-araw-araw na plus practice mode.